Ji-Sang Park

Internet of Things
DHL Supply Chain reports that it will spend $300 million to install Internet of Things sensors and collaborative robots in its North American warehouses, bringing 60% of those facilities up to automation capabilities already implemented in 85 of DHL’s 430 warehouses in North America. The company will also employ robotic process automation software and other programs to reduce workflow interruptions.

The U.S. House of Representatives passed the SMART IoT Act on a voice vote, sending the bill over for the Senate to consider during the current lame-duck session. The SMART in the title of H.R. 6032 stands for “State of Modern Application, Research, and Trends.” The legislation was introduced by Rep. Robert Latta, R-Ohio; it has 18 cosponsors, 13 Republicans and five Democrats.

The Nokia Threat Intelligence Report 2019 is out, saying IoT botnets are responsible for 78% of malware detection events seen this year. Other conclusions: IoT bots make up 16% of infected devices; malware-based crypto coin mining has expanded from high-end servers to IoT devices, smartphones, and browsers; Android malware variants grew 31% in a year and now number nearly 20 million. The report can be downloaded here.

Sierra Wireless executives shared their 2019 predictions for the IoT, security, and automotive. Philippe Guillemette, the company’s chief technology officer, sees the “Amazonification” of the IoT beginning; the emergence of the Internet of Lifesaving Things; and eSIMs will act as a catalyst for IoT growth. Larry LeBlanc, chief engineer, security, at Sierra Wireless, anticipates the rise of IoT anomaly detection, security-as-a-service, and other new IoT security solutions, while IoT security discussions will get heated. Guillemette also predicts hype will hit a wall, as automakers will put the pedal to the metal on connected car services.

Cybersecurity
Experts in the cybersecurity field offer 60 predictions of what will happen during 2019 in this feature. Some general conclusions: data will be used and misused; artificial intelligence and machine learning technology will become a double-edged sword for attackers and defenders; data privacy will be a continuing issue; the cloud changes everything; connected and moving devices add numerous security risks.

Who was behind the WannaCry and NotPetya ransomware attacks? Their identity is not clear, but it is becoming obvious that hackers are no longer afraid of attracting attention for their cyberattacks, Danny Palmer writes.

Marriott International reported that up to 500 million of its customers may have had their personal data exposed by hackers, in a breach dating back to 2014 involving a number of Starwood brand hotels. Other Marriott brands, such as Marriott Residence Inn and the Ritz-Carlton, have had a separate reservation system; Marriott plans to combine those with the Starwood system. The massive data breach led Sen. Richard Blumenthal, D-Conn., and other Democratic senators to call for tougher privacy laws and significant penalties for companies that fail to protect the personal data of their customers. Meanwhile, the Quora question-and-answer website acknowledged it had been hit late last week by an attack that swept up account information and private messages of about 100 million users. Launched in 2010, Quora has 300 million monthly active users, comparable to Twitter’s user base. Still, many Quora account holders responded to the news by expressing surprise that they have Quora accounts.

Sen. Mark Warner, D-Va., will speak Friday, December 7, at the Center for a New American Security to propose a national cybersecurity doctrine. The vice chair of the Senate Intelligence Committee is calling for a holistic approach to defending the U.S. against cyberattacks and hacking, including foreign meddling with American elections and disinformation/misinformation campaigns coming from overseas.

Quantum computers are under development around the world, and so is research and development on quantum encryption technology, which could conceivably crack the encryption methods used for contemporary computers and systems. China is making significant investments in quantum encryption and in establishing quantum encryption networks, this analysis notes.

Automotive Tech
Siemens acquired COMSA Computer und Software GmbH of Munich, Germany; financial terms were not disclosed. The company offers software for electrical systems design and wire harness engineering. The COMSA team and technology will join the Mentor business, part of Siemens PLM Software. Bishop and Associates estimates the worldwide cable assembly market last year was worth $155 billion, with about 30% of the market coming from automotive applications.

Uber’s Advanced Technologies Group is resuming testing of its autonomous vehicle technology in Pittsburgh, under new limitations – vehicles will travel no faster than 25 miles per hour, and they won’t be operated at night or in wet weather. The move comes eight months after an Uber self-driving car struck and killed a pedestrian in Tempe, Ariz. There was a backup human operator in the vehicle, who was watching a television show on her smartphone and failed to brake in time.

Samsung is working with the Korean Transportation Safety Authority to come up with mobile network infrastructure for autonomous vehicles at the K-City test facility, a controlled urban environment serving as a testbed for self-driving cars. K-City cost about $10 million to construct and partially opened for business in November. The facility is located within the city of Hwaseong, around an hour’s drive south of Seoul.

Waymo One, the robotaxi service of Alphabet’s Waymo unit, launched on Wednesday in Phoenix, where the company has been testing self-driving cars for a while. The service is initially available to riders who were involved in the early stages of the trial program. Customers can use a mobile application to summon a self-driving taxi; the app provides an estimate of the fare for the desired route.

May Mobility this month is launching its autonomous shuttle service in Columbus, Ohio, as part of the Smart Columbus and DriveOhio initiatives and in cooperation with Ohio State University. Michigan-based May Mobility is offering a similar shuttle service in Detroit.

Members of the U.S. Senate are trying to push through the AV START Act bill before the current Congress adjourns this month, trying to provide federal regulations for autonomous vehicles (although the original bill did not include autonomous trucks). Similar legislation cleared the House last year, and the Senate Commerce Committee is trying to get a floor vote on the bill.

Faraday Future is facing an uncertain future due to its financial woes. After furloughing 400 of its 1,000 employees in October, the company is preparing to furlough at least 250 more employees as it continues to combat Evergrande Health, an investor, over payments due to the car company, precipitating a “financial crisis,” Faraday states. “We hope to solve the funding issue in 2-3 months,” the company says in a statement.

Amazon wants to get the voice-controlled Alexa virtual assistant into automotive vehicles, and it was on hand at the recent Los Angeles Auto Show to push that idea. The e-commerce giant is contending with Apple’s CarPlay system and Google’s Android Auto system for that application. Audi and BMW have integrated the Alexa assistant into new vehicles. More news is likely to come from Amazon at CES 2019.

An Android Auto update is on the way, providing an easier user interface and enabling the playing of music and responding to messages.

General Motors named Dan Ammann, its president, to serve as CEO of GM Cruise, the carmaker’s autonomous vehicle subsidiary. Ammann pushed for the 2016 acquisition of San Francisco-based Cruise Automation for more than $1 billion. Kyle Vogt, co-founder and CEO of Cruise, was named Cruise’s president and chief technology officer. GM plans to offer a driver-less service by the end of next year.

Carlos Ghosn will remain in detention until at least early next week while investigators in Japan continue to pursue a case against him for financial misconduct. The former chairman of Nissan Motor has been in custody since Nov. 19. He has also been removed as chairman of Mitsubishi Motors, which is part of the Renault-Nissan alliance.

SoftBank Group is reportedly leading a large investment in ParkJockey, a Florida-based parking startup. Mubadala Investment of Abu Dhabi is expected to participate in the funding. The investment is believed to be in the range of $800 million to $1 billion.

Products/Services
Arm is working with Telco Systems under an existing partnership agreement to develop network functions virtualization technology for the network edge, employing Arm’s Neoverse architecture. As part of their partnership, Arm and Telco are fostering an ecosystem for system-on-a-chip vendors, such as Marvell/Cavium and NXP Semiconductors, among other parties.

Achronix Semiconductor this week announced the immediate availability of its Speedcore Gen4 embedded FPGA intellectual property for integration into SoC designs. The new release includes the company’s Machine Learning Processor IP block.

Rambus says Micron Technology picked the Rambus CryptoManager Platform for Micron’s Authenta secure memory product line for protecting IoT devices. In addition, Bank Islam Brunei Darussalam selected the Rambus Token Service Provider for mobile payments to enable secure transactions for its customers.

Cypress Semiconductor is working with Cirrent, a provider of cloud-based services and software for consumer Wi-Fi products. Cirrent’s ZipKey Wi-Fi onboarding and IoT network intelligence offerings are available for developers of connected products using various Wi-Fi chips and operating systems.

Boston-based Superpedestrian aspires to selling commercial-grade electric scooters to fleet operators. Each of its heavy-duty scooters costs about $500 and can be bought by scooter rental companies in volume.

TrackR of Santa Barbara, Calif., has rebranded itself as Adero and shifted its product focus from smart trackers to an “intelligent organization system” platform. The system comprises smart tags and taglets, which adhere to various items, and communicate with an Android smartphone application. An iOS version of the app is in the works.

M&A
ORIX Capital Partners bought NTI Connect, a Chicago-based vendor of mission-critical network deployment offerings in data centers, fiber optics, video networks, and wireless networks. Financial terms weren’t disclosed. The management of NTI, previously a portfolio company of O2 Investment Partners, will remain in place. NTI comprises three operating companies: CCSI Networks, Fairhaven Integration Services, and National Technologies. ORIX plans to make add-on acquisitions for NTI Connect.

TIBCO Software of Palo Alto, Calif., agreed to acquire France’s Orchestra Networks, a data management software supplier; financial terms weren’t revealed, although sources tell Reuters the purchase price is in the low nine figures. Orchestra counts Burger King, Citigroup, and Paramount Pictures among the enterprise customers for its EBX flagship software. TIBCO is owned by Vista Equity Partners.

Finance
Chinese startups received $56 billion in funding during the first six months of this year, compared with $42 billion for U.S. startups, according to a study by Preqin, a data provider, and INSEAD, a graduate business school. That information comes as the SoftBank Vision Fund is hiring an investment team in China, and Singapore’s Temasek Holdings investment fund is always looking for enticing startups.

BYD reports that it plans to have an initial public offering for its battery business by 2022. The Chinese manufacturer of electric vehicles has Berkshire Hathaway as an investor.

Relativistic quantum chemical calculations show that the uranium molecule U₂ has a quadruple bond

Relativistic quantum chemical calculations show that the uranium molecule U₂ has a quadruple bond, Published online: 29 October 2018; doi:10.1038/s41557-018-0158-9

Establishing a fundamental understanding of the electronic structure of actinides remains a challenging task for both experiment and theory. Now, it is shown that for the uranium dimer, relativity and electron correlation affects not only the nature of the electronic ground state, but also lowers the bond multiplicity in comparison to previous studies.

Advanced Energy Materials, Volume 8, Issue 22, August 6, 2018.

Advanced Energy Materials, EarlyView.

Author(s): Massimiliano Esposito

A fundamental limit on the heat produced when erasing a bit of information has been confirmed in a fully quantum system.

[Physics 11, 49] Published Mon May 21, 2018

본 문서는 신바람 시스템에서 가우시안 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다.  따라서, 가우시안 소프트웨어 사용법 및 신바람/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다.  신바람/리눅스 사용법에 대한 정보는 헬프데스크 홈페이지 (http://helpdesk.ksc.re.kr)의 자료실 내에 신바람 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다.  

1. 가우시안 소개

가우시안은 에너지, 분자구조 및 진동주파수를 예측하는 분자 모델링 패키지이며, 화학, 물리, 생명과학, 공학 분야 연구자를 위한 프로그램입니다. 

자세한 사항은 가우시안 사의 홈페이지를 통해 얻을 수 있습니다.

홈페이지 주소: http://gaussian.com 

2. 설치 버전 및 라이선스

- KISTI 슈퍼컴퓨팅센터는 가우시안 16/LINDA의 사이트 라이선스를 보유하고 있으며,  신바람 시스템에는 가우시안16 Rev. A03이 설치되어 있습니다. 

- 가우시안16를 사용하기 위해서는 사용자의 계정이 가우시안 그룹(gauss group)에 등록되어야 합니다.  가우시안 그룹 등록은 helpdesk 또는 account@ksc.re.kr로 문의하시기 바랍니다. 

- 내 계정이 가우시안 그룹에 속해있는지 확인하는 방법은 다음과 같습니다.

$ id 사용자ID

※ 가우시안 그룹에 포함되어 있으면 출력 결과에 "1000009(gauss)" 이 포함되어 있어야 합니다.

- 보안 문제로 사용자는 프로그램의 소스 코드에는 접근할 수 없고, 실행 파일과 기저함수(basis function)에만 접근할 수 있습니다.  실제로 프로그램을 사용하는 데는 아무런 지장이 없습니다. 

- 가우시안에 연동하여 사용하는 프로그램을 사용하기 위해서는 사전에 일부 소스 코드 혹은 쉘 파일에 대한 접근권한이 필요하며 (예, Gaussrate) 이 경우 helpdesk 또는 account@ksc.re.kr 메일을 통해 요청하셔야 합니다. 

- HF 계산과 DFT 계산은 병렬로 수행할 수 있습니다.

3. 소프트웨어 실행 방법

(1) 환경설정

  가우시안16은 module 명령을 통하여 환경을 로드할 수 있습니다. 

$ module load gaussian16-a03

(2) 스케쥴러 작업 스크립트 파일 작성

  신바람 시스템에서는 로그인 노드에서 로드레벨러 라는 스케쥴러를 사용하여 작업을 제출해야 합니다. 

  신바람 시스템에서 로드레벨러를 사용하는 예제 파일들이 아래의 경로에 존재하므로 사용자 작업용 파일을 만들 때 이를 참고하시기 바랍니다. 

  - 예제 파일 :  /applic/Applications/test_samples/G16/g16.cmd 

 

※ 아래 예제는 신바람 시스템 에서의 가우시안16에 대한 예제입니다.

     파일 위치:  /applic/Applications/test_samples/G16/g16.cmd

#!/bin/sh #@ job_type = mpich  #@ class = chemistry                            # gaussian16은 chemistry 클래스(큐)를 사용한다. #@ error = my_g16_run.$(jobid).err        # 표준 에러의 파일 이름을 정의 #@ output = my_g16_run.$(jobid).out #@ notification = complete                    # 작업이 끝났을 경우 통지받을 #@ notify_user = your.emal@address.com # 이메일주소를 기록  #@ resources = ConsumableCpus(16) ConsumableMemory(2gb) #@ wall_clock_limit = 01:00:00 #@ queue export OMP_NUM_THREADS=16  export g16root="/applic/Applications/gaussian/g16" export g16BASIS=${g16root}/g16/basis export GAUSS_EXEDIR=${g16root}/g16 export GAUSS_LIBDIR=${g16root}/g16 export GAUSS_ARCHDIR=${g16root}/g16/arch export LD_LIBRARY_PATH="${LD_LIBRARY_PATH}:${g16root}/g16" export PATH="${PATH}:${g16root}/g16" export GAUSS_SCRDIR="/scratch2/${USER}"    g16 test000.com

- 위 작업 스크립트 파일에서 파란색 부분은 이미 module load를 이용하여 가우시안 환경변수 설정을 했다면 생략가능합니다. 

- 입력 파일에서 %NProcShared 옵션의 값은 신바람 계산노드는 16개 코어가 장착되어져 있기 때문에 16 까지만 안정적인 계산 성능이 발휘 됩니다.

 %NProcShared 옵션의 값은 ConsumableCpus(N)과 OMP_NUM_THREADS의 값과 동일하게 설정되어야 합니다.

- 입력 파일에서 %Mem 옵션에 2Gb 설정했다면, 작업 스크립트 파일 내의 ConsumableMemory(2gb) 또는 2gb 이상으로 설정해야 합니다.

- 클래스 이름은 신바람 사용자 지침서를 참조하여 설정하여 chemistry로 설정해야 합니다.

 ※ 가우시안 입력 파일을 PC에서 작성 후 FTP로 전송한다면, 반드시 ascii mode로 전송해야만 합니다. 

- 기타 로드레벨러에 관련된 명령어 및 사용법은 신바람 사용자 지침서를 참조하시면 됩니다.

- 로드레벨러 스케쥴러의 주요 명령어 (세부 사항은 신바람시스템 사용자 지침서 참조)

명령어	설명
llsubmit job.cmd	로드레벨러에 작업스크립트(job.cmd)를 제출
llq	로드레벨러에 제출되어 대기/수행 중인 전체 작업 조회
llq -sl job-id	해당 작업(job-id)에 대한 세부 사항 조회
llclass	로드레벨러 클래스(큐) 정보 조회
llstatus -R	컴퓨팅 노드 상태 조회 (사용 가능한 CPU 수 및 메모리 용량 등)
llcancel job-id	작업 제출한 작업 취소

4. 참고자료

- 가우시안을 처음으로 사용하고자 하는 사람은 다음의 책의 일독을 권합니다.

 James B. Foresman and Aeleen Frisch,  "Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods: A Guide to Using Gaussian",

 www.amazon.com, www.bn.com 등의 온라인 서점에서 구매할 수 있고, http://gaussian.com에서도 직접 구매가 가능합니다. 

- 가우시안에 관한 모든 정보는 Gaussian사의 홈페이지(http://gaussian.com)를 통해 얻을 수 있습니다.

KAT시스템에서는 tensorflow / caffe / pytorch 사용환경을 지원하기 위해 singularity (docker와 유사한 HPC용 컨테이너 솔루션) 을 사용합니다.

singularity를 이용하기 위해서는 다음과 같은 모듈 명령어로 환경설정합니다. 

$ module load applic/singularity-2.4.2

 OS 및 필요한 소프트웨어 패키지를 담은 이미지 파일들은 /applic/singularity_images 디렉토리에 저장되어 있으며, 현재 이미지 종류는 다음과 같습니다. 

이미지 파일명	내용
tensorflow-1.8.0-cuda-9.0-py2.simg	python 2.7.12 가 설치되어 있으며,  gpu용 tensor flow 1.8.0이 설치되어 있음
tensorflow-1.8.0-cuda-9.0-py3.simg	python 3.5.2 가 설치되어 있으며,  gpu용 tensor flow 1.8.0이 설치되어 있음
caffe-0.16.4-cuda-9.0-py2.simg	python 2.7.12 가 설치되어 있으며,  gpu용 caffe 0.16.4이 설치되어 있음
pytorch-0.4.1-cuda-9.0-py3.simg	python 3.6.3 이 설치되어 있으며,  gpu용 pytorch 0.4.1이 설치되어 있음

tensorflow-1.8.0-cuda-9.0-py3.simg 을 사용하여 tensorflow 용 hello, world! 예제를 실행해 봅니다.  (아래 예는 대화형 예제임)

- 파티션에서 GPU 사용가능한 노드 하나를 할당받아, gpu용 tensor flow 1.8.0을 담은 컨테이터 인스턴스를 띄운다.  $ salloc -N1 -p dual_v100_node --gres=gpu:2 singularity shell /applic/singularity_images/tensorflow/tensorflow-1.8.0-cuda-9.0-py3.simg                                  salloc: Granted job allocation 16871 Singularity: Invoking an interactive shell within container... Singularity tensorflow-1.8.0-cuda-9.0-py3.simg:~> python   #컨테이너 안의 대화형 shell에서  python을 수행  Python 3.5.2 (default, Nov 23 2017, 16:37:01)  [GCC 5.4.0 20160609] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import tensorflow as tf >>> hello = tf.constant('Hello, Tensorflow!') >>> sess = tf.Session() 2018-10-25 08:13:34.183154: I tensorflow/core/common_runtime/gpu/gpu_device.cc:1356] Found device 0 with properties:  name: Tesla V100-PCIE-16GB major: 7 minor: 0 memoryClockRate(GHz): 1.38 pciBusID: 0000:1b:00.0 totalMemory: 15.77GiB freeMemory: 15.36GiB 2018-10-25 08:13:34.889944: I tensorflow/core/common_runtime/gpu/gpu_device.cc:1356] Found device 1 with properties:  name: Tesla V100-PCIE-16GB major: 7 minor: 0 memoryClockRate(GHz): 1.38 pciBusID: 0000:86:00.0 totalMemory: 15.77GiB freeMemory: 15.36GiB 2018-10-25 08:13:34.890045: I tensorflow/core/common_runtime/gpu/gpu_device.cc:1435] Adding visible gpu devices: 0, 1 2018-10-25 08:13:37.085487: I tensorflow/core/common_runtime/gpu/gpu_device.cc:923] Device interconnect StreamExecutor with strength 1 edge matrix: 2018-10-25 08:13:37.085540: I tensorflow/core/common_runtime/gpu/gpu_device.cc:929]      0 1  2018-10-25 08:13:37.085555: I tensorflow/core/common_runtime/gpu/gpu_device.cc:942] 0:   N N  2018-10-25 08:13:37.085566: I tensorflow/core/common_runtime/gpu/gpu_device.cc:942] 1:   N N  2018-10-25 08:13:37.086970: I tensorflow/core/common_runtime/gpu/gpu_device.cc:1053] Created TensorFlow device (/job:localhost/replica:0/task:0/device:GPU:0 with 14867 MB memory) -> physical GPU (device: 0, name: Tesla V100-PCIE-16GB, pci bus id: 0000:1b:00.0, compute capability: 7.0) 2018-10-25 08:13:37.234035: I tensorflow/core/common_runtime/gpu/gpu_device.cc:1053] Created TensorFlow device (/job:localhost/replica:0/task:0/device:GPU:1 with 14867 MB memory) -> physical GPU (device: 1, name: Tesla V100-PCIE-16GB, pci bus id: 0000:86:00.0, compute capability: 7.0) >>> print(sess.run(hello)) Hello, Tensorflow! >>> exit()            # python 종료  Singularity tensorflow-1.8.0-cuda-9.0-py3.simg:~> exit    # 컨테이너 종료  exit salloc: Relinquishing job allocation 16871

※ singularity은 지정한 이미지 파일에 담긴 OS 환경을 제공하지만, KAT 시스템의 /home01과  /scratch2는 공유합니다. 

※ singularity shell 명령: 컨테이너 안의 대화형 shell을 제공함  

이번에는 위의 tensorflow용 hello, world! 예제를 hello.py에 저장하고 이것을 배치 작업형태로 작업제출해 봅니다. 

아래는 작업제출을 위한 작업스크립트입니다.

#!/bin/bash #SBATCH -J test #SBATCH -p dual_v100_node #SBATCH -N 1 #SBATCH -n 2 #SBATCH -o test.o%j #SBATCH -e test.e%j #SBATCH --time 00:30:00  #SBATCH --gres=gpu module purge  module load applic/singularity-2.4.2  singularity exec /applic/singularity_images/tensorflow/tensorflow-1.8.0-cuda-9.0-py3.simg python ./test.py

※ singularity exec 명령: 컨테이너 안의 해당 파일(혹은 명령어)를 실행함 

 - test.py

import tensorflow as tf state = tf.Variable(0, name="counter") one = tf.constant(1) new_value = tf.add(state, one) update = tf.assign(state, new_value) init_op = tf.initialize_all_variables() with tf.Session() as sess:   sess.run(init_op)   print(sess.run(state))   for _ in range(3):     sess.run(update)     print(sess.run(state))

※ singularity exec 명령: 컨테이너 안의 해당 파일(혹은 명령어)를 실행함 

작업 제출은 다음과 같은 명령어로 수행합니다. 

$ sbatch ./jobscript.sh   Submitted batch job 1391

이 문서는 사용자가 신바람 시스템에서 가우시안 (Gaussian) 소프트웨어를 사용하기 위한 기본적인 방법 안내에 목적이 있습니다.  따라서, 리눅스 환경에서 사용해본 경험이 있는 연구자가 KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 시스템에 설치되어 있는 가우시안09 프로그램을 사용하는 경우를 가정하고 작성하였습니다. 신바람 시스템 혹은 리눅스 OS에 대한 기초 사용법에 대해서는 헬프데스크 (http://helpdesk.ksc.re.kr) 자료실 내의 자료들을 참고해주시기 바랍니다.

1. 가우시안 개요

가우시안은 에너지, 분자구조 및 진동주파수를 예측하는 분자 모델링 패키지이며, 화학, 물리, 생명과학, 공학 분야 연구자를 위한 프로그램입니다. 

자세한 사항은 가우시안 사의 홈페이지를 통해 얻을 수 있습니다.

 가우시안 홈페이지: http://www.gaussian.com

2. 설치 버전 및 라이선스

- KISTI 슈퍼컴퓨팅센터는 가우시안09의 사이트 라이선스를 보유하고 있으며, 신바람 시스템에는 가우시안09 Rev. E가 설치되어 있습니다. 

- 가우시안09 Rev. E를 사용하기 위해서는 사용자의 계정이 가우시안 그룹(gauss group)에 등록되어 있어야  실행할 수 있으며, 가우시안 그룹 등록은 helpdesk 또는 account@ksc.re.kr으로 문의해 주시기 바랍니다.

- 가우시안 그룹에 포함되었는지 알수 있는 방법은 아래 명령을 사용합니다.

$ id 사용자ID

※ 가우시안 그룹에 포함되어 있으면 출력결과에 "1000009(gauss)"이 포함되어 있어야 합니다.

- 보안 문제로 사용자는 프로그램의 소스 코드에는 접근할 수 없고, 실행 파일과 기저함수(basis function)에만 접근할 수 있습니다.  실제로 프로그램을 사용하는 데는 아무런 지장이 없습니다. 

- Gaussian에 연동하여 사용하는 프로그램을 사용하기 위해서는 사전에 일부 소스 코드 혹은 쉘 파일에 대한 접근권한이 필요하며 (예, Gaussrate) 이 경우 helpdesk 또는 consult@ksc.re.kr 메일을 통해 시스템 관리자에게 별도로 연락하여야 합니다. 

- 공유메모리 구조를 가진 컴퓨터 상에서 쓰레드 생성을 통한 병렬계산이 가능하여, 신바람 시스템에서는 16코어를 이용한 병렬 계산이 가능합니다. 

- 병렬 계산 시에는 작업 스크립트 파일과 가우시안 입력 파일에서 지정해주는 CPU의 개수가 동일해야 합니다. 

  ( 아래의 작업 스크립트 파일 예제 참조 ) 

- HF 계산과 DFT 계산은 병렬로 수행할 수 있습니다.

3. 소프트웨어 실행 방법

(1) 환경설정

  가우시안09은 module 명령을 통하여 환경을 로드할 수 있습니다. 

$ module load gaussian09-e01

   

(2) 스케쥴러 작업 스크립트 파일 작성

  신바람 시스템에서는 로그인 노드에서 로드레벨러(LoadLeveler)라는 스케쥴러를 사용하여 작업을 제출해야 합니다. 

  신바람 시스템에서 로드레벨러를 사용하는 예제 파일들이 아래의 경로에 존재하므로, 사용자 작업용 파일을 만들 때 이를 참고하시기 바랍니다. 

  - 예제 : /applic/Applications/test_samples/G09/sample.cmd 

 

※ 아래 예제는 신바람 시스템 에서의 가우시안09에 대한 예제입니다. 

#!/bin/sh #@ job_type = mpich  #@ class = chemistry                      # gaussian09는 chemistry 클래스(큐)를 사용한다. #@ error = my_g09_run.$(cluster).err  # 표준 에러의 파일 이름을 정의 #@ output = my_g09_run.$(cluster).out #@ notification = complete                    # 작업이 끝났을 경우 통지받을 #@ notify_user = your.emal@address.com # 이메일주소를 기록  #@ resources = ConsumableCpus(16) ConsumableMemory(2gb) #@ wall_clock_limit=01:00:00 #@ queue export OMP_NUM_THREADS=16  # OpenMP 쓰레드를 16개 생성, ConsumableCPUs의 숫자와 동일해야 함  export g09root="/applic/Applications/gaussian/g09" export g09BASIS="${g09root}/g09/basis" export GAUSS_EXEDIR="${g09root}/g09" export GAUSS_LIBDIR="${g09root}/g09" export GAUSS_SCRDIR="/scratch2/${USER}" export LD_LIBRARY_PATH="${LD_LIBRARY_PATH}:${g09root}/g09" export PATH="${PATH}:${g09root}/g09" /applic/Applications/gaussian/g09/g09/g09 test.com

- 신바람 시스템에서는 최대 16개의 코어를 사용할 수 있습니다.

- 위 작업 스크립트 파일에서 실제로 사용할 CPU 개수는 resources = ConsumableCpus(N)를 이용하여 설정합니다. 이 때 CPU 개수 N은 가우시안 입력 파일 상의 %Nproc=N와 같게 설정하여야 합니다. 클래스 이름은 chemistry로 지정해야 합니다. 

- 가우시안 입력 파일에 %Mem=2Gb 설정했다면, 작업 스크립트 파일 내의 ConsumableMemory(2gb)

  또는 2gb 이상으로 설정해야 합니다.

 ※ 가우시안 입력 파일을 PC에서 작성 후 SFTP로 전송한다면, 반드시 ascii mode로 전송해야만 합니다. 

- 로드레벨러 스케쥴러의 주요 명령어 (세부 사항은 신바람시스템 사용자 지침서 참조)

명령어	설명
llsubmit job.cmd	로드레벨러에 작업스크립트(job.cmd)를 제출
llq	로드레벨러에 제출되어 대기/수행 중인 전체 작업 조회
llq -sl job-id	해당 작업(job-id)에 대한 세부 사항 조회
llclass	로드레벨러 클래스(큐) 정보 조회
llstatus -R	컴퓨팅 노드 상태 조회 (사용 가능한 CPU 수 및 메모리 용량 등)
llcancel job-id	작업 제출한 작업 취소

 

4. 참고자료

- 가우시안을 처음으로 사용하고자 하는 사람은 다음의 책의 일독을 권합니다.

 James B. Foresman and Aeleen Frisch,  "Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods: A Guide to Using Gaussian",

 www.amazon.com, www.bn.com 등의 온라인 서점에서 구매할 수 있고, www.gaussian.com에서도 직접 구매가 가능합니다. 

- 가우시안의 서브루틴을 이용한 프로그래밍이나 IOP 조작에 의한 세부적인 컨트롤에 관심이 있는 사람은  ‘Gaussian Programmer's Manual'을 참고하여야 하지만 대부분의 사용자는 이것에 크게 신경 쓸 필요가 없습니다. 

- 가우시안에 관한 모든 정보는 Gaussian사의 홈페이지(www.gaussian.com)를 통해 얻을 수 있습니다.

Nature Nanotechnology. doi:10.1038/nnano.2017.85

Authors: Lorenzo De Santis, Carlos Antón, Bogdan Reznychenko, Niccolo Somaschi, Guillaume Coppola, Jean Senellart, Carmen Gómez, Aristide Lemaître, Isabelle Sagnes, Andrew G. White, Loïc Lanco, Alexia Auffèves & Pascale Senellart

OpenMP 병렬 프로그래밍을 지원하는 Open Source 프로그램을 Intel 컴파일러로 설치해서

사용하고자 할때 configure 단계에서 OpenMP 체크 시 오류가 발생할 경우 

[오류내용]

checking how to enable OpenMP... unknown

configure: error: don't know how to enable OpenMP

[원인]

Intel 컴파일러에서 OpenMP 활성화 옵션이 "-openmp" 이지만 일부 Open Source 들에서 "-mp" 로만 지정되어 있어 오류 발생

[해결방법]

파일 편집기(vi)로 configure 파일을 열어서 CFLAGS와 같은 환경변수에 "-mp" 로 지정된 부분을 "-openmp"로 수정해 준다

[예제 : fftw-2.1.5]

변경 전 : CFLAGS="$save_CFLAGS -mp"

변경 후 : CFLAGS="$save_CFLAGS -openmp"

2004년 미국 대선을 두 달 앞두고 CBS에서 당시 공화당 대통령 조지 W. 부시의 내셔널가드로써의 군경력에 문제가 있다는 방송을 보도했음. CBS는 제보자로부터 몇 가지 문서를 입수하고 이 문서에 근거해서 방송한 것. 

그런데 이 방송의 근거가 된 문서가 조작된 것으로 밝혀짐. CBS는 문서 검증을 제대로 하지 않고서 방송한 것. 그럼에도 불구하고 2주 동안 자신들의 입장을 방어할려고 하였음. 

CBS는 결국 사과방송을 함. 당시 메인 앵커이자 문제가 된 방송을 하였던 Dan Rather의 입을 통해 "지금 알고 있는 것을 당시에도 알았더라면 그 때 그 방송을 하지 않았을 것이다"라고 사과함. 

이 사고를 Dan Rather의 이름을 따서 Rathergate라고도 부름. 

그런데 이 방송에 대한 CBS측의 차후 조치가 후덜덜하였음. 

잘못된 방송에 대해 그냥 말로 사과하고 끝난게 아님. 

우선 조사위원회(review panel)을 구성해서 방송 경위와 그 후속 조치를 조사했는데, 이 위원들이 누구였느냐 하면 전직 공화당 주지사이자 아버지 부시 밑에서 검찰총장을 맡았던 양반과, 전직 AP 편집장, 두 사람이었음. 피해자 측 수사전문가와 언론 전문가 두 명으로 구성. 

위원회의 조사 결과 이 보도가 가짜였다고 밝히고 그 과정에서 CBS가 제대로 게이트키핑과 제대로된 후속 조치를 취하지 않았다고 결론 내림. 이 결론에 근거해서 CBS가 내린 조치는, 

CBS 뉴스의 총괄 메인 프로듀서였던 Mary Mapes를 잘라버리고, 문제가 된 프로그램의 프로듀서였던 Josh Howard, 그의 직계인 Mary Murphy, CBS의 부사장 Betsy West의 사직을 요구함. 이들은 결국 모두 사임하였음. 

이 방송을 보도하였던 Dan Rather도 2004년 은퇴할 것을 선언하고 2005년에 불명예스럽게 CBS를 떠났음. 뉴스 총괄책임자와 경영책임자, 문제가 된 프로그램의 책임자, 메인 앵커를 날린 것. 

찌라시나 지방방송도 아니고 3대 공중파 뉴스에서 자료 검증을 안하고 국가의 전체적 방향을 결정하는 선거에 영향을 끼칠 수 있는 보도를 엉터리로 하면 어떤 조치가 취해지는지를 보여준 케이스로, 미국에서 증거와 사실에 근거한 보도를 얼마나 심각하게 생각하는지 깨닫게 되었음. 또한 잘못은 말로 사과하고 끝나는 것이 아니라 돈과 직위로 보여주는 것이라는 점을 명확히 알게되었음. 미국에 유학온지 몇 년 지나지 않았을 때라 상당히 충격적인 기억으로 남음. 

Ps. 그래서 미국은 진짜 잘못해서 책임질 일이 있을 때는 "sorry"라는 말을 절대 안함. 끝까지 정말 잘못이 있는지 없는지 따져봄. 왜냐하면 sorry라는 말을 하는 것은 곧 그에 따른 돈과 직위가 걸린 추후 조치를 의미하기 때문. 대신 아무 것도 아닌 일은 죽어라 여러 번 가식적으로 I'm sorry라는 말을 반복. 

Author(s): Ahmad Rafsanjani and Katia Bertoldi

We investigate the mechanical response of thin sheets perforated with a square array of mutually orthogonal cuts, which leaves a network of squares connected by small ligaments. Our combined analytical, experimental and numerical results indicate that under uniaxial tension the ligaments buckle out …

[Phys. Rev. Lett. 118, 084301] Published Tue Feb 21, 2017

Author(s): Yunwei Zhang, Hui Wang, Yanchao Wang, Lijun Zhang, and Yanming Ma

Electrides are electron-rich compounds with a range of potential applications as catalysts and reducing agents. A new computer-assisted design methodology has been developed which can efficiently identify potential inorganic electrides and has found 89 new candidates.

[Phys. Rev. X 7, 011017] Published Tue Feb 14, 2017

Additive could extinguish flames in less than half a second

Nature advance online publication 06 July 2016. doi:10.1038/nature18306

Authors: Hsinhan Tsai, Wanyi Nie, Jean-Christophe Blancon, Constantinos C. Stoumpos, Reza Asadpour, Boris Harutyunyan, Amanda J. Neukirch, Rafael Verduzco, Jared J. Crochet, Sergei Tretiak, Laurent Pedesseau, Jacky Even, Muhammad A. Alam, Gautam Gupta, Jun Lou, Pulickel M. Ajayan, Michael J. Bedzyk, Mercouri G. Kanatzidis & Aditya D. Mohite

Three-dimensional organic–inorganic perovskites have emerged as one of the most promising thin-film solar cell materials owing to their remarkable photophysical properties, which have led to power conversion efficiencies exceeding 20 per cent, with the prospect of further improvements towards the Shockley–Queisser limit for a single‐junction solar cell (33.5 per cent). Besides efficiency, another critical factor for photovoltaics and other optoelectronic applications is environmental stability and photostability under operating conditions. In contrast to their three-dimensional counterparts, Ruddlesden–Popper phases—layered two-dimensional perovskite films—have shown promising stability, but poor efficiency at only 4.73 per cent. This relatively poor efficiency is attributed to the inhibition of out-of-plane charge transport by the organic cations, which act like insulating spacing layers between the conducting inorganic slabs. Here we overcome this issue in layered perovskites by producing thin films of near-single-crystalline quality, in which the crystallographic planes of the inorganic perovskite component have a strongly preferential out-of-plane alignment with respect to the contacts in planar solar cells to facilitate efficient charge transport. We report a photovoltaic efficiency of 12.52 per cent with no hysteresis, and the devices exhibit greatly improved stability in comparison to their three-dimensional counterparts when subjected to light, humidity and heat stress tests. Unencapsulated two-dimensional perovskite devices retain over 60 per cent of their efficiency for over 2,250 hours under constant, standard (AM1.5G) illumination, and exhibit greater tolerance to 65 per cent relative humidity than do three-dimensional equivalents. When the devices are encapsulated, the layered devices do not show any degradation under constant AM1.5G illumination or humidity. We anticipate that these results will lead to the growth of single-crystalline, solution-processed, layered, hybrid, perovskite thin films, which are essential for high-performance opto-electronic devices with technologically relevant long-term stability.

어느 캐나다 만화가의 리얼 성매매 다이어리. 성매매 여성들이나 친구들과의 대화를 통해 성매매에 대한 작가 본인의 의견이 중간 중간 들어가 있지만 책의 대부분은 작가 본인의 성매매 후기들로 채워져 있다. 캐나다에서 성매매 정보를 얻는 방법부터 시작해 본인이 직접 겪은 성매매 여성들의 체형, 성격, 버릇, 인종, 국적, 친절도, 서비스 만족도 등이 디테일하고 적나라하게 묘사되어 있어 만화를 다 읽고 나면 캐나다의 성매매 업계를 다년 간 직접 체험한 정도에 상응하는 지식을 얻게 된다. 작가는 성매매 후기 공유 싸이트까지 친절하게 알려주는데 여자가 마음에 들지 않으면 후기 공유 싸이트에 여자들에 대한 불평을 올리기도 한다. 영화 리뷰나 맛집 리뷰 같기도 한 게 한 마디로 ‘고독한 미식가’의 성매매 업소 버전이라고 보면 되겠다. 작가는 친구들에게 종종 비난을 받지만 내가 직접 해 보고 있어봐서 아는데 성매매가 뭐가 나쁜지 전혀 모르겠다고 초지일관 주장하며 꿋꿋하게 성매매 업소를 이용하고 후기를 올린다. 한국에선 절대 나올 수 없는 책 같았지만 곰곰이 생각해보니 한국에도 예전에 비슷한 책이 나온 적이 있다. 김완섭의 ‘창녀론’이라고.. 책 출간 당시 성매매를 둘러싸고 사회 전체가 찬반으로 나뉘어 치열한 논의가 벌어졌던 것 같다. 그때나 지금이나 달라진 점은 별로 없다. 성매매 관련 논의는 여전히 활발하게 벌어지고 있지만 성매매 역시 활발하게 벌어지고 있고 줄어들 기미는 보이지 않는다. 굳이 다른 점을 찾자면 예전에는 성매매 업소들이 집창촌에만 모여 있었지만 이제는 사회 구석구석 광범위하게 퍼져있다는 점과 인터넷의 발달로 인해 성매매 후기 공유 싸이트가 생긴 정도랄까?

tag : 유료서비스, 캐나다

블로그를 시작한지 4년이나 지났지만, 쓴 글은 별로 없네요. 처음에는 가벼운 마음으로 시작했다가, 어쩐 일인지 제가 쓴 글을 많은 분들께서 읽어주시고 의견도 남겨주셨습니다. 특히, ‘박사과정 학생이 유의해야 하는 점‘을 많이 읽어주셨습니다. 댓글로 여러분들께서 의견을 남겨주셨는데요, 공감해 주시는 분들도 계셨고, 반대되는 의견을 남겨주신 분들도 계셨습니다. 오래된 글임에도 불구 하고 여전히 제법 많은 분들께서 읽어주시는 것 같아, 조금 보충 설명과 배경 설명을 해야 할 것 같습니다.

우선 아래의 두 글을 함께 읽어주시면 좋을 것 같습니다.

• 박사과정 학생이 유의해야 하는 점
• 대학원생 지도를 시작하는 신임 조교수님들께

(첫번째 글은 반말투로 썼고, 두번째 글은 높임말을 썼습니다. 다른 이유가 있는 건 아닙니다. 첫번째 글을 쓸 당시만 하더라도, 이 블로그는 제 몇몇 지인들과 의견을 나누고 싶어서 사용했던, 일기장에 더 가까웠습니다. 글을 쓸 때의 느낌은 마치 혼잣말을 하는 것 같은 것이라 자연스레 반말로 썼습니다. 언젠가부터 글을 쓸 때면 제가 누군가 다른사람에게 말을 하고 있는 것 같은 느낌이라 높임말을 쓰게 되었습니다. 오해 없으시길 바래요.)

첫번째 글을 읽고 난 뒤, 가장 흔한 불평(?)이 ‘그럼 학생이 다 하면 교수는 노는거냐?’입니다. 첫번째 글에서 제가 학생이 다 해야 한다고 하지는 않았지만, 그렇게 느껴질 수 있을 법도 합니다. 그런데, 두번째 글에서는 제가 직접적으로 교수가 다 해야 한다고 주장했습니다. 어쩌면 서로 상충하는 내용의 두 글로 읽힐 수도 있겠습니다. 어찌 된 일일까요?

첫번째 글은 학생들에게 드리는 글입니다. 연구에 대한 의지가 불타올라서 이미 뭔가 독립적으로 하고 계신 분께 드리는 글은 아닙니다. 그런 분들께는 무슨 문제가 있겠습니까. 중간 중간 여러가지 문제가 있을 수도 있겠지만, 다 잘 되게 되어 있습니다. 진리의 될놈될. 첫번째 글을 읽고 공감하는 부분보다는 공감하지 못하는 부분이 많으신 분들은 아마 이 경우에 해당하는 게 아닐까 생각합니다. 안 읽어도 될 글을 읽으신 게 아닐까 합니다. :)

첫번째 글을 쓰게 된 동기는, 제가 학생일 때도 그랬고 제가 교수가 되었지만 학생의 때를 아직 벗지 못했을 때도 그랬고, 주변에서 지도교수가 자신을 위해서 뭔가 ‘명령’을 내려주고 모든 일을 다 해주기를 바라며 졸업을 기다리기만 하는 수동적인 자세의 학생들을 많이 보았기 때문입니다. 박사과정이라는 건 그런 게 아니라는 걸 말하고 싶었습니다.

첫번째 글은 교수님들께 드리는 글이 아닙니다. 그래서 교수는 어떤 일과 역할을 해야 한다는 말도 없지만, 교수는 놀아도 된다는 말도 없습니다. 두번째 글은 교수님들께 드리는 글입니다. 거기서는 학생이 어떻게 하는 것이 좋다는 말도 없고, 놀아도 된다는 말도 없습니다.

몇몇 안 읽어도 될 글을 읽으신 분들께서 관련된 질문과 의견을 답글로 남겨주셨고, 제 의견을 교환한 적이 있습니다. 아래에 링크를 남깁니다.

• 지도 교수가 학생들의 연구를 잘 모르는게 당연하다는 얘기는 전혀 공감할 수가 없군요. …
• .. 난 잘 모르긴하지만, 내가 갑이고 니가 을이다란 말로 들리는건 왜인지 궁금합니다.
• .. 학생의 결과와 진행방향을 기억하지 못할 바엔 PI로서의 교수의 자격은 상실이라고 생각합니다. …

(일부러 남겨주신 답글의 내용 중 자극적인 일부분을 따서 링크를 걸었습니다.)

전 세계 어디에든  일반적인 사회통념으로 받아들일 수 없는 성격과 가치관을 가진 교수님들이 많이 계십니다. 학생을 괴롭히고 착취하는 것으로 자신의 삶을 꾸려나가시는 분들도 분명 계실겁니다. 여러가지 형태의 범죄 행위로 학생에게 직간접적인 피해를 입히는 경우도 많습니다. 본인은 연구에 관심이 없는데도 대학원생을 받아서 지도가 아닌 지도를 하는 분들도 계십니다. 제 자신은 그런 비정상적인 교수가 아니라는 바램으로, 적어도 정상적인 교수가 되기 위해 노력하고 있다는 바램으로 그런 부분에 대한 논의는 하지 않겠습니다.

성균관대학교의 김진수 교수님께서 이런 글을 남겨주셨다고 합니다.

“능동적인 연구를 강조하는 이유가 교수가 논문지도 안하고 놀기 위함은 절대(!) 아닙니다. 석사건, 박사건, 졸업을 하는 것은 지도교수보다는 본인의 역량이라는 점을 명심하시기 바랍니다. 지도교수가 밥상을 차려줄 수는 있어도, 밥을 먹는 것은 본인입니다. 제가 석사 신입생들 면접할 때도 얘기를 했는데, 대학원은 제가 여러분을 귀찮게 하는 곳이 아니라, 여러분이 저를 귀찮게 하는 곳입니다. 언제라도 어떤 문제에 대해 저와 얘기하고 싶다면 제게 찾아오시기 바랍니다. 대부분 제가 잘 알지 못하는 내용이 될 가능성이 높지만서두…^^. 가끔 보면 지도교수가 옆에서 이거해 봐라, 저거해 봐라 하는 경우에는 왜 하는지도 모르고 별로 신도 나지 않은 채로 일을 하지만, 지도교수가 아무 신경도 쓰지 않으면 오히려 불안해서 스스로 연구를 하게 되는 경우가 많은 것 같습니다. 저도 여러분의 졸업과 관련하여서는 귀찮게 하지 않을 작정이니 졸업하고 싶으면 스스로 알아서 하세요.”

제가 말씀드리고자 하는 바와 같습니다. 인용한 내용 말고도 좋은 말씀이 많으니, 한 번 읽어 보시길 권합니다.

다시 ‘그럼 학생이 다 하면 교수는 노는거냐?’라는 질문으로 돌아가보겠습니다. 분야에 따라서, 특히 인문학 쪽이라면, ‘그럼 학생 논문인데 학생이 하지 교수가 하냐?’가 대답이 될 수도 있을 것 같기도 하지만, 제가 잘 모르니, 이공계, 그 중에서도 공학 쪽에서 말씀드리자면, ‘아닙니다.’가 더 맞는 답일 것 같습니다. 조금 더 상세히 이야기 해보지요.

– 연구 과제 혹은 개발 과제

과제 혹은 프로젝트의 경우에는 연구팀에서 연구책임자(Principal Investigator, PI)의 주도 하에 제안서를 제출하고 심사를 거친 뒤 여러가지 조건을 바탕으로 계약서를 작성합니다. 순수 연구 과제의 경우에는 연구가 끝난 후에 제출해야 하는 결과물(Deliverable)의 형태와 질에 대한 조건이 그렇게 까다롭게 명시되지 않지만, 기업체가 후원하는 개발 과제의 경우에는 이건 사업과 마찬가지입니다. 언제부터 언제까지 어떤 조건으로 이거 저거 해서 문제를 해결하고 결과물을 소프트웨어/하드웨어/보고서 등으로 제출하고 언제 발표도 한다라는 식입니다. 일반 기업체에서 쉽게 할 수 없는 일을 ‘아웃소싱’ 받아서 하는 ‘외주업체’와 크게 다르지 않습니다.

아무튼 이런 과제와 관련된 업무와 관련해서 ‘그럼 학생이 다 하면 교수는 노는거냐?’라고 물으시면, 절대적으로 대답은 ‘아닙니다.’가 맞습니다. 교수가 연구책임자로써 해야 하는 일이 있고, 학생이 연구에 참여하는 연구원으로써 해야 하는 일이 있습니다.

-학위 논문 혹은 그냥 연구

학위 논문과 관련된 일이라면 답이 조금 다를 수도 있겠습니다. 원론적으로 이야기 해보면, 학생이 학위를 받기 위해 학위논문을 쓰기 위한 연구를 하는데, 지도교수(advisor)가 조언(advice)를 주는 것 이외에 무슨 일을 해야 한다는 거죠? 실제로 몇 몇 분야에서는 지도교수가 학생의 연구에 대해 비평을 하고 조언만 줍니다. 예술 분야에서 그렇구요, 인문학의 몇 몇 분야에서도 그렇습니다. 어떤 영문학 전공의 경우에는 지도교수가 박사과정 학생과 만나는 것은 1년에 두 차례 정도라고 하는 말도 들었습니다. 봄학기에 한 번, 가을학기에 한 번. 교수는 자기 연구를 (대체로) 혼자 해서 혼자 책을 쓰고 논문을 씁니다. 학생은 자신의 연구를 합니다.

이공계에서는 이런 구분이 명확하지 않아 쉽지 않습니다. 연구의 규모가 커질 수록, 교수들끼리, 교수와 학생이 함께, 학교와 산업체가 함께 협력 해서 연구해야 하는 일이 많습니다. 그래서 많은 혼란이 생기는 것 같습니다. 저도 박사학위 논문을 쓰면서는 제가 제 논문 다 쓴 줄 알았는데 아니었습니다. 제 박사학위 논문 내용에 실린 많은 내용이, 제 지도교수님이 하신 연구이고, 저는 그냥 그걸 도왔을 뿐이었습니다.

이런 구분이 애매하기 때문에, 종종 여러가지 문제도 생기지요. 학생 연구를 왜 교수가 1저자로 출판하느냐 하는 게 화두에 오를 때가 있지요. 대체로 ‘연구 실적 가로채기’인 경우가 많지만, 사실 좀 생각해보면 정말 애매한 경우도 많습니다. 교수가 연구 제안서를 써서 과제를 땄습니다. 학생을 연구 조교(RA)로 고용해서 그 연구과제를 진행하면서 함께 연구도 하고 논문도 여러편 썼습니다. 어떤 논문은 대부분을 교수가 썼을 수도 있고 어떤 논문은 반대로 학생이 대부분 썼을 수도 있습니다. 1저자가 누가 되어야 하는 문제는 차치하고서라도 이 논문들이 학생의 학위 논문에 포함되었다면, 교수와 학생은 공동저자로 학회지에 그 논문을 발표해도 되는 걸까요? 어떤 분야에서는 학위 논문으로 ‘발표’된 연구 내용은 그걸로 이미 ‘발표’된 겁니다. 그래서 학위 논문과 학회지에 논문을 ‘중복게재’했다는 말을 하기도 합니다. 저는 중복게재 했습니다. 심지어 지도교수가 1저자인 논문과 제가 1저자인 논문이 이미 학회지로 출판이 되었는데도 불구 하고 제 학위논문으로 다시 ‘발표’했습니다. 분야마다 상황마다 다르니 한가지 잣대로 판단할 수 있는 문제는 아닌 것 같습니다.

이야기가 좀 샜습니다. 아무튼, 이공계에서는 대체로 연구 과제와 맞물려서 학생 지도가 진행 되기 때문에, 구분이 쉽지 않습니다. 교수가 연구 제안서를 쓰고 좋은 평가를 받았을 즈음에는, 연구 주제와 연구 내용에 대한 고민이 대체로 끝난 시점입니다. 연구 주제에 대해 고민하는 부분은 전체 연구 과정에서 굉장히 큰 부분을 차지 합니다. 이와 관련해서 제가 쓴 글이 있습니다.

• 파인만 알고리즘
• 연구 주제에 대해 삼단계로 말해보기

같은 맥락으로, 교수가 이미 틀을 다 잡아 놓은 연구과제에 RA로 참여하는 대학원생이 어떤 일을 할 수 있을까에 대해 중요한 질문을 해 주신 분이 계셨습니다.

http://thoughts.chkwon.net/phd-students/#comment-53409

포괄적으로는 공감합니다만, 이공계에서 RA 받는 학생들의 대부분은 교수의 grant proposal 에 따라 연구의 방향이 결정됩니다. 그런 경우에도 이 글처럼 얼마나 학생이 독립적으로 프로젝트를 이끌어갈 수 있을지 의문이네요…..

제가 드린 답변입니다.

일리가 있습니다. 교수의 프로젝트에서 RA를 받는다면, 그 프로젝트의 방향에서 크게 벗어날 순 없겠죠. 제가 직접 연구 제안서를 써보니, 제안서가 완성이 되고 연구비를 받게 될 때 즈음이면, 이미 제 머리 속에서는 그 연구가 끝나있더군요. 이런 문제를 이렇게 저렇게 해서 풀면 연구가 되겠지. 하고 직접 조금 해보기도 하고 그 방향이 희망적으로 보이면 제안서를 쓰게 되고, 그 제안서를 읽는 사람들도 방향이 희망적이라고 생각되면 연구비를 주기로 결정합니다.

그런데 왠 걸, 연구비를 받고 실제로 연구를 진행 해 보니, 생각지 못 했던 문제점이 한 두 가지가 아닙니다. 아마 전체적인 연구방향은 잘 안 바뀌겠죠. 경험 있는 교수가 A->B 라는 길이 되는 길이다 라고 생각했고 심사하는 사람들도 그 길이 말이 된다라고 동의했으면 웬만하면 그 길이 되는 길이겠죠. (물론 생각과는 전혀 다른 결과가 나오고 그것을 해석하는 과정에서 아주 새로운 연구가 탄생하기도 합니다.) 하지만 B라는 최종 목적지는 비슷하게 가더라도, 실제로 A에서 B까지 가는 길은 굉장히 다를 수 있습니다. 그 길을 찾아가는 동안 학생이 독립적으로 할 수 있는 일이 많습니다.

조금 더 자세히 말씀드리자면 A라는 조건 아래에서 B라는 가설이 옳음을 혹은 그렇지 않음을 보이는 것이 연구 프로젝트의 방향이라고 칩시다. 가설을 테스트하기 위해서 교수는 아마 제안서에 여러가지 가능한 방법을 제시했거나, 그 가설이 옳다는 신호를 보내는 몇 몇 선행 연구 결과를 가지고 있을 겁니다. 그런데 생각했던 방법을 적용해서 실제로 연구를 해 보면, 그 방법이 잘 안 됩니다. 처음에 생각했던 대로 했더니 그 생각대로 다 잘 되는 연구는 아마 ‘뻔한 연구’일 수도 있고, 누군가 이미 다 해서 새로운 것이 별로 없는 연구일 수도 있습니다. 그래서 ‘재밌는’ 연구는 대체로 생각했던 대로 잘 안 됩니다. 이런 상황을 생각해 보면, B라는 가설을 세운 것은 교수의 연구이지만, 그 가설을 실제로 테스트하는 것은 학생의 연구일 수 있습니다.

이에 더해서 말씀을 드리자면, 제안된 방법으로 연구를 하다가 잘 안 되었을 때가, RA로 참여하는 학생에게는 자신의 연구를 할 수 있는 기회입니다. 좀 더 정확히는 자신만의 연구 문제를 찾을 수 있는 기회입니다. “(지도교수가 제안서를 쓸 때도 고민을 했었고, 제안서를 심사했던 전문가들도 그에 대체로 동의를 했으니) 잘 될 것 같아 보이는 이 방법이 실제로는 왜 잘 안 될까?”를 묻고 그 이유를 알아내고, 새로운 방법을 찾아 보고 테스트하는 연구를 할 수 있습니다. 이런 일은 굉장히 흔합니다. 이 전까지는 지도교수의 연구를 학생이 도와주고 있었지만, 이제는 역전입니다. 학생의 연구를 지도교수가 도와줄 차례입니다.

했던 이야기 또 하면서 쓸데없이 블로그 글을 하나 늘립니다. 이왕 링크팔이 하는 김에, 대학원생 여러분들께 도움이 될만한 제 블로그 글 링크를 더 걸어둡니다.

• 조교수 7년, 실패의 기록
• 교수처럼 말하고 행동하는 사람이 교수가 됩니다
• 지도교수에게 좋은 이메일 보내는 방법
• 지금 알고 있는 것을 그때도 알았더라면 – 지도교수님 이야기